권역심뇌혈관질환센터에는 권역심뇌혈관질환센터장, 심혈관센터, 뇌혈관센터, 심뇌재활센터 및 예방관리센터를 두고 제반 센터 운영에 대한 사항을 논의하기 위한 운영위원회와 권역심뇌혈관질환센터에 대한 전반적인 자문을 위한 권역심뇌혈관질환 자문위원회를 둔다.

심혈관센터와 뇌혈관센터는 전문의, 전공의, 수련의, 간호사, 의료기사 등으로 24시간 전문 진료체계를 구축하여 운영한다. 그리고 진료팀, 수술팀, 중재수술팀, 입원환자 관리팀, 검사팀으로 구성하여 기존 진료조직과 협력체계를 이루어 환자의 진료와 관련된 업무를 수행한다.

심뇌재활센터는 재활진료팀, 심혈관재활팀과 뇌혈관재활팀 그리고 재활지원팀 및 입원환자관리팀으로 구성되어 조기재활을 위해 노력하며 심혈관센터 및 뇌혈관센터와 협진 체계를 구축한다

예방관리센터에는 권역심뇌혈관질환센터의 사무행정을 담당하는 직원이 운영관리과에 배치되어 사무국으로서의 역할을 하며 권역심뇌혈관질환센터에서 발생하는 모든 행정 업무를 담당한다. 그리고 교육·연구지원과를 두어 교육프로그램의 개발, 센터 성과 지표 관리, 만성질환자 관리, 심뇌혈관질환 환자의 등록 사업 운영 등 예방관리사업을 통해 심혈관센터, 뇌혈관센터, 심뇌재활센터의 협조와 참여를 주도한다.